故事发生在位于都市近郊，有名的赏樱胜地“樱云区”。近年来，区内的改造事业推进，引入了实验性的教育制度。“致力于让学生自身主导学生生活的改善”创设了以学生自治为理念的“樱云台学院”。在这里，掌握技术和能力的学生们日日努力学习，还能够用学习成果换取学习环境改善等各种各样的好处。更特别的是，据说成绩名列前茅的学生还能够获得一些特权。

冬去春来。离开樱云区许久的主人公·才城莲为了转入这所学校，久违地回到了家乡。城市里的樱花树纷纷绽放，他也再次见到了羞喜交加地与自己再会的妹妹，还有已经长大成了美少女的青梅竹马。然而，在这一派祥和的氛围里，他刚刚入学不久，就被卷入了学生之间的矛盾中。偶然路过的莲，出……显示全部手帮助了一位女孩。然后，她对莲说，“你，要不要加入我的社团? 我们一起以 ALIA 为目标，改变这个学校吧！”“成为 ALIA？改变学校？”

那女孩这样对莲说，邀请他加入自己的社团。突如其来的展开让莲摸不着头脑，但他同时也感到心中有股悸动。仿佛预感到了未来麻烦丛生却又充满乐趣的校园生活即将展开。