《穿越时空》是此前在超级任天堂主机上发布的《时空之轮（Chrono Trigger）》的续作。剧情以“平行宇宙”为核心，发生在两个世界：原生世界和异世界，而分裂的开端就是前作中的某个剧情点开始分裂的。

名为塞吉的男主角一觉醒来发现自己所住的村庄发生了变化，而自己的朋友也不认识他了。而且此时已经是 10 年后的世界，这个世界的他在 10 年前的事故中死亡，母亲也已去世。在之后的问询中他推测出时空发生了错乱。