在《指挥官：基因军团之战》中，人类已经在 20 世纪初揭开了原子的秘密。基因操作的发现导致了没有缺点的人类的诞生，他们更强壮、更快、更聪明。这些新人类被称为“基诺”。很快，正常人类决定反抗，导致种族灭绝。

一段时间后，和平条约签署，但在游戏开始时，人类国家正在加强他们的军事力量。正是在这种环境下，一位年轻的指挥官 Alec Falcon 正在训练他的部队，这时他接到了一位科学家的求救电话。基诺族正在进攻，现在就看玩家如何带领亚历克和他的部队进入战斗。

《指挥官：基因军团之战》是一款基于回合制的战术战略游戏。玩家有一些单位，他必须指挥这些单位来实现每一关的目标。每个下属单位都有一定数……显示全部量的点数，用于展开不同的行动，如移动攻击和占领建筑物。每个关卡的地形都会影响单位的移动和防御。例如，单位站在开放的道路或小路上时，防御力较低，但每回合可以移动更远。为了跨越水和山脊，必须使用空军部队。单位可以是轻型或重型。轻型单位很便宜，可以移动得更远，而重型单位速度慢，价格高，但火力更强。还有炮兵部队，可以远距离攻击。空中单位可以在很远的地方移动，只能被反空单位攻击。每个单位都有自己的长处和短处，因此在面对某些其他单位时，会更加有效，而在面对其他单位时则不那么有效。

每个玩家都有一个指挥官单位。每个指挥官都有一种特殊的力量，可以影响附近的单位。有一些被动的力量，如额外的防御，额外的伤害和治疗，是持续的。也有主动力量，需要主动力量条满。它们可以用来伤害、治疗或冻结附近的单位，持续一个回合。

建筑物可以通过使用步兵单位来占领。为了生产单位，玩家必须建造国会大厦、工厂和机场。在每个关卡中，玩家都可以找到可以捡到的奖励令牌。这些代币可以有积极的作用，如额外的健康、金钱或经验，但它们也可以爆炸，从而造成损害。

每完成一个关卡后，玩家会得到一个从一星到五星的分数。这个评分是基于完成该关卡所花的回合数、被摧毁的敌方单位的数量以及玩家受到的伤害与他所付出的伤害的对比。