《黑暗王朝 2》实际上是《黑暗王朝》的前传，故事发生在《黑暗王朝》的许多年前。在《黑暗王朝 2》中，黑暗帝国和自由卫士还没有出现，战争中的双方是这两个敌对集团的祖先。

在遥远的 2506 年，地球上的能源几乎被开采殆尽，人口过剩、污染严重，尤其是臭氧层遭到了毁灭性破坏，人类的生存面临着巨大考验。一部分有钱人作为社会的“精英分子”建造了“圆顶城市”并生活其中，那里有极其舒适的生态环境。而大多数无依无靠的人只能暴露在强烈的紫外线和有毒的空气中，饱受痛苦和伤害，致使社会矛盾日益激化。

地球秩序由世界警察组织来管理，这是一个政府托管的维和组织，简称“JDA”，由“精英分子”管理，用来保护这……显示全部个特权阶层居住的“圆顶城市”。JDA 的敌人是好战的“蔓延军团”，他们使用非传统的科学技术和武器系统与 JDA 展开激烈的战斗。战斗在地面、海上、空中全面展开，共有 20 个极具挑战性的任务。