与大多数点击式冒险游戏不同的是，《黑暗之种》中的许多行动必须在精确的时间限制内进行，否则游戏就会陷入无法通关的状态。因此，玩家必须反复重新开始才能完成游戏。

玩家需要在三个小时内完成游戏，相当于游戏中的三天。游戏内时间可以通过使用游戏中的等待功能来度过，时间可以通过查看游戏主角道森的手表，或通过检查房子里的老爷钟来查看。每天结束时，道森会回到家中的床上睡觉，每天晚上他都会做一个黑暗世界的噩梦。无论玩家身在何处，道森都会在每晚10点自动入睡。如果道森在黑暗世界时停留至了晚上，他就会睡着并死亡，导致游戏结束。道森在第二天收到邮件中的一块镜子，将其与镜子的其他部分重新组合就能创造一个通往黑暗世……显示全部界的入口，从而进入黑暗世界。现实世界中的每个房间、人和物体都有一个黑暗世界的对应物，涉及到游戏中的许多谜题。