故事开头是从前作《疯狂大楼》中；居住在疯狂科学家佛瑞德·爱迪生博士（Dr. Fred Edison）的大宅里，外观像章鱼脚、三角锥形状模样的外星生物紫吸盘（Purple Tentacle）与绿吸盘（Green Tentacle）所开始。

某一天紫吸盘和绿吸盘在佛瑞德博士的实验室外头闲晃时，紫吸盘在好奇心下直接喝了从实验室所排放出来的有毒废水。而原先身躯并没有四肢的紫吸盘在喝下废水后，除了发生长出双臂、智力提升等异变外心中也冒出想要征服整个世界的念头。当佛瑞德博士发现此状况后，便将紫吸盘和绿吸盘给抓住、想将它们一同处决掉。

而害怕生命安危的绿吸盘便赶紧在佛瑞德博士行动前，写了求救信给……显示全部它在前作《疯狂大楼》认识的人类朋友──热衷于科技的怪胎伯纳德·伯努利（Bernard Bernoulli）。当伯纳德收到绿吸盘的信件后，便请他的两名室友──胖身材、平时替一些乐团处理巡回演出的霍基（Hoagie）与就读医药科系、举止有点古怪傻气的女学生蕾雯（Laverne）一同前去拯救绿吸盘它们。

在伯纳德救了紫吸盘和绿吸盘后，紫吸盘仍不放弃征服世界计划而逃离不见踪影。为了挽回不可收拾的局面，佛瑞德博士便要求伯纳德三人搭乘他利用行动厕所改造、以钻石作为动力来源、名为“Chron-o-John”的时光机，回到紫吸盘喝废水前的时刻阻止它。

但因佛瑞德博士在开发过程里偷工减料，以劣质的彷钻当作时光机的能量来源，使得伯纳德三人在搭乘时光机中出现状况。之后伯纳德虽没事地回到一开始搭乘时光机的地方，但霍基漂流到距离二十世纪前两百年的美国开国时期、遇见了乔治·华盛顿以及约翰·汉考克等开国元老人物；蕾雯则是漂流到二十世纪后两百年已被紫吸盘统治地球的未来世界。为了让时光机启动重新回到二十世纪以及阻止紫吸盘征服地球，伯纳德三人便透过 Chron-o-John 内置的可将物品透过时光隧道传递之设备互作联系；进行了一连串荒谬无厘头的历险。