游戏故事发生在《杀出重围》的 20 年后，世界因前作的事件陷入战争不断、经济崩溃的“崩塌期”，各大派系趁机攫取权力及影响力。玩家扮演的主角艾利克斯·D 在一次恐怖袭击过后从芝加哥撤离到西雅图，不久后卷入一场阴谋的网络之中，见证各大派系争夺世界控制权。除了贯彻系列始终的赛博朋克背景及阴谋论主题，剧情还探讨了恐怖主义。

《杀出重围：隐形战争》是一款融入第一人称射击和隐蔽机制的动作角色扮演游戏。故事的背景设置在 2072 年，距原作《杀出重围》整整 20 年。整个游戏系列的剧情发生在赛博朋克的未来，光照会及其分离势力雄伟 12（Majestic 12）等秘密组织和阴谋论盛行。在发生在 2052……显示全部 年的前作，听命于雄伟 12 的克隆人主角 JC·邓盾（JC Denton）卷入光照会和雄伟 12 的秘密战争中。挑起双方冲突的实业家鲍勃·佩奇（Bob Page）一开始打算制造疫情，敲诈全球精英，迫使他们转投雄伟 12，将自己融入到人工智能赫利俄斯（Helios）之中，以此瓦解光照会，让自己成为统领天下的独裁者。本作透露的背景故事结合了前作的三大结局路线：JC 杀掉雄伟 12 的领导鲍勃·佩奇，融入赫利俄斯，摧毁 Majestic 12 在 51 区的基地，削弱全球通讯网络，最终与光照会联手重建世界秩序。然而 JC 的行动导致全球陷入持续战争和经济萧条之中，世人称之为“崩溃期”（Collapse）。之后，主要首都城市自建城邦，以围墙阻隔打造飞地，密切监视人类，但领土扩张被严格限制。本作故事将在世界各地展开，先从西雅图开始，再到开罗、特里尔和南极洲。《杀出重围》中经常出现的纳米技术增强组件（Augmentations）在本作中名叫“生物模组”。

玩家扮演亚历克斯·D（Alex D）一角，在游戏开头自定义角色性别及总体外观。游戏有多种难易程度，从对敌人伤害增加的“容易”级，到敌人健康值增加、子弹数量减少的“真实”级。玩家访问数据立方及全息投影等物件可拓展剧情，推动故事发展。部分物件可以携带或投掷，从小物品到人的尸体。每个枢纽地区都有非玩家角色向玩家提供各种任务，包括主线剧情任务及每个地区特有的支线任务，玩家可以选择接受或拒绝。完成任务目标的方式有多种，包括匿踪嵌入地区、利用黑客技术打开接入点、发动武装突袭。跟非玩家角色讨论的时候，玩家会得到不同的对话选项，这些选项会影响到对话的进程。

游戏设有各种近战武器和远距武器，有致命的，有非致命的。近战武器包括战斗匕首、警棍和电击设备“电击棒”（stun prod），远距武器包括手枪、霰弹枪、步枪、轻机枪和火箭发射器，其他武器有各种手雷赫尔炸弹。游戏武器的弹药量以进度条显示，每种枪的弹药数量各不相同。玩家可以用物品或配件自定义枪支，例如安装消音器、让枪无声地射穿玻璃。其他升级能将武器伤害最大化，减少弹药消耗。物品、武器、弹药和配件可通过点数（Credits）购买，这种内置货币可以在游戏环境中收集，或是通过任务赚取。物品包括用来开锁的一次性多用途工具，到补充健康值或能量的罐子，可以从敌人身上收集，或是在环境或箱子、橱柜等容器中找到。玩家最多可以携带 12 样物品，消耗品堆叠在一个槽位中。

游戏过程中，玩家可以找到装满纳米石的“生物模组”（biomod）罐子，用来增强角色的身体及心理机能。这种模组有两组，一种是标准版，一种是黑市版，两者可以从环境中找到，或是向特定非玩家角色购买，但不可以放在同一个槽位。玩家需要把这些模组安装在五个不同的槽位中，这些槽位代表着不同的身体部位——“手臂”、“头颅”、“眼睛”、“腿”和“骨骼”，每个部位有三种亟待玩家激活的增强选项，包括增强力量、增强入侵终端或控制敌人机器人的敏捷度。部分增强功能仅能由标准或黑市版模组激活。能力一旦激活，可以用生物模组进一步增强，也可以把现有的增强能力换下，删掉已选增强能力，换成新的。启用隐身等生物模组能力会消耗玩家的能量。