和平之中，暗藏危机。数码兽的过度增殖，造成数据空前膨胀，终于引发了普遍性数码世界危机。

鉴于数码世界可用率越来越低的现状，掌管总信息的主系统世界树 (Yggdrasil) 创建了新数码世界，并将一部分选中的数码兽转移过去。对于剩余的数码兽以及旧数码世界，则用"X 程序"予以彻底毁灭。