毁灭战士 2 是一款第一人称射击类游戏，游戏的故事紧接着前作展开，玩家被再次带到了一个无名的火星空间内 (事实上在毁灭战士小说内被称为 Flynn Taggart)，在这里需要闯出一条从这个地狱逃离的路。

在 Phobos 进行了殊死搏斗，并且摧毁了 Deimos 和整个地狱后，玩家扮演的战士终于回到了地球，但是紧接着发现自己沦为了外星人侵略的一个受害者。