在《对马岛之魂：导演剪辑版》加入的全新故事篇章“壹歧岛之章”中，玩家将继续扮演主角境井仁，以壹岐岛为场景，游玩全新的扩充剧情，发现新地点，邂逅新角色，并完成新故事等。

仁发现有神秘的蒙古部落在壹岐岛上落脚，于是开始了这趟旅程。这些人以一位备受敬重的巫师为首领，名为安喀夏可敦，追随者又称她为“苍鹰”。身兼可敦和巫师，苍鹰不仅征服多国，还是灵魂的牧人，给仁跟壹岐岛民带来前所未见的危险。

对抗这威胁的唯一之道就是仁必须重返壹岐岛，他以前曾在那里待过。与这陌生而危险的敌人对峙之际，他被迫要面对旧时的恐惧，揭开早已深深埋藏的创伤。玩家在探索新的岛屿和对抗新的威胁时，也将深入探究境井一族黑……显示全部暗的过去……