《灰色黎明》的故事讲的是一个被指认谋杀儿童的神父，通过自己的行动证明自己清白的故事。

在神父的行动过程中，经常会遇到各种光怪陆离的，非现实生活中所能遇到的各种场景。而在游戏过程中他的独白、回忆和他人的物件与录音都在不断地抽丝剥茧地告知着玩家真相的方向。