小天狼星布莱克从阿兹卡班监狱逃了出来，哈利、罗恩和赫敏要找出他为什么要追杀哈利，以及他与哈利父母的死亡有什么关系。

GBA 版《哈利·波特与阿兹卡班的囚徒》以传统 RPG 的形式出现。在回合制战斗中，哈利和他的朋友们必须使用正确的法术和物品来打败他们的敌人。

每个角色也有一些独特的特殊攻击。哈利可以使用整个游戏中可以收集到的卡片进行魔法攻击，罗恩向敌人投掷臭球和爆竹，赫敏可以使党的攻击更加强大。在战斗之外，你将接受任务并探索各种地牢。在地下城内，敌人是可见的，因此有可能避免战斗。你还需要使用不同的法术来解决难题和清除障碍。