游戏的方式很简单，每一关卡里都是由立体方块所组成的地图，透过特殊的道具红色地毯，还可以走在各方块面上。玩家必须利用关卡里的各项道具来克服地形上的 障碍，像是将可拾取的箱子填补至路面上的缺口，或是将伸缩怪物根据需求来达成各项路程。而且玩家不是只操控一个角色，在见面的路程中，必须不定时地切换 ilo 与 milo，互相协助帮忙才能早日相逢。如果不慎在迷宫中迷路了，也可以使用特定的功能键来寻找对方，或是检视这个迷宫全图。

在这些由方块组成的迷宫里，都四处散布着回忆片段，只要收集到某种程度就会解锁 ilo 与 milo 的回忆锁定。画面会出现 ilo 或 milo 写给对方的信笺碎 片，只要收集……显示全部更多的回忆片段，就可以看到 ilo 与 milo 的完整回忆。游戏主选单里有个项目叫百宝箱，在关卡中所收集到的回忆片段、照片或唱片，都能解锁百宝箱里的内容，这些内容都是 ilo 与 milo 故事的一部分。

除了收集回忆外，每个关卡中还有三个不同颜色的 safka，只要找到这三个可爱的小人偶，就会解锁特殊成就。如果遇到不知道该如何前进的状况时，只要走到颜 色不同的木箱上站着，伟大又勇敢的解说员 Sabastian 就会乘着瓢虫给你些小提示，并且告诉你该如何使用辅助道具来完成关卡。

每个转场等待的画面，都会显示一段小故事，不论是组成关卡的方块还是解说员 Sabastian 的逗趣记事，游戏中的每个角落都充满着可爱温馨的元素，不会感到冷场或是无趣。《ilomilo》也支援单机双人合作，可以一人操控一只角色，有兴趣的玩家们可以下载试试。