卡比的第一次 3-D 冒险也是他在任天堂 64 的首次亮相，这位总是多才多艺的英雄正在与一个名为“黑暗物质”的新敌人作战。黑暗物质的目标是一个遥远国度的强大水晶，但一个名叫 Ribbon 的年轻仙女试图拯救它，她带着宝石逃到了梦幻国度。现在，水晶被打破了，它散落在世界各地。

控制卡比，帮助他穿越六个世界，与各种各样的敌人和具有挑战性的 Boss 作战，因为他试图收集所有 100 块破碎的水晶。

在 Ripple Star 星球上，生活着一群善良和平的仙女。这个星球本身受到伟大的水晶力量的保护，免受危险，水晶守护着 Ripple Star。然而，这种力量引起了黑暗物质的注意，他们希望……显示全部利用伟大的水晶来实现自己的邪恶计划。它巨大的群体攻击和寻找水晶，使天空变黑，使仙女们陷入恐慌。

为了应对黑暗物质带来的威胁，Ripple Star 的女王命令一个叫 Ribbon 的仙女把水晶带到一个安全的地方。丝带试图带着水晶飞走，但被黑暗物质送来的三个球体阻止。水晶碎成了 74 块碎片，散落在几个星球上，丝带坠落在 Popstar 星球上。

卡比找到了一块碎片并把它交给了 Ribbon，然后两人开始寻找其他的碎片。一旦卡比和他的朋友们收集到所有的水晶碎片并打败了奇迹物质，黑暗物质就会逃离波纹星并爆炸。然而，胜利并没有持续多久，因为水晶检测到仙后体内有强大的黑暗物质能量存在，并将其从仙后体内驱逐出来，在星球上空显现出来，形成了黑暗之星。卡比和他的朋友们潜入黑暗之星，Dedede 国王将他们推出去挑战 02。卡比和 Ribbon 带着他们的碎片枪，摧毁了 02 和黑暗之星。