在《海上巨兽：战舰》中，玩家将从各种战舰中选择搭配，组成自己的舰队，在半回合半动作的规则下与敌人进行对战。船长们可以在回合开始前充分研究战略，对各个战舰下达命令，然后再回合开始以后实时操控船只，进行混战。

游戏共有五种挑战任务，至多允许 4 名玩家同时挑战，也可以在合作模式下进行 9 个关卡的剧情战役。