就在《洛克人 X》以为自己已经击败了所有的 X 猎人的时候，几个月后一场起义从一个废弃的工厂中爆发。8 位新的 X 猎人同时出现挑战《洛克人 X》，而三股势力则密谋复活一件熟悉的秘密武器。

博士·莱特给《洛克人 X》提供了埋藏在地表深处的胶囊中的惊人新能力，还有新型车辆比如机动攻击滑板，再加上从 X 猎人那里获得的力量，《洛克人 X》准备好了去面对自己作为一名叛逆猎人的命运。现在是生死决战！

六个月后，Sigma 这位历史上最强大的复制人发动了叛乱。那些被认为减少的不规则体数量实际上在不断增加，并且各种地点的叛逆猎人基地也在遭到破坏。这些事件背后的是拥有特殊控制芯片植入体内，并刻有“Σ”印……显示全部记（本应被摧毁）的不规则体。