2007 年 Solid Snake 成立了反 Metal Gear NGO 组织“Philanthropy”，为了追寻神秘之新型 METAL GEAR，不幸掉进前 FOXHOUND 成员 Ocelot 的陷阱里，Snake 连同油轮一起消失在哈德逊湾中。

两年后，于湾内建造的原油处理设施 Big Shell 被恐怖分子所占据，恐怖组识主谋自称为传闻已死的 Solid Snake。为了救出成为人质的美国总统，政府派遗了新生 FOXHOUND 部队新人“Raiden”前往 Big Shell 展开拯救行动。