游戏在无双大蛇的基础上增加了更丰富的对战模式，还增加了武将专属技能和专属物品，增加了锻炼材料，在武器属性融合中，可以让玩家融合自己喜欢的武器，增加武器的锻炼属性。

大蛇远吕智利用他强大的力量打破了时空的缺口，将日本战国和中国三国各个时期的豪杰们汇集到远吕智所设定好的空间，然后将豪杰们逐个击破，将其中一些首脑级人物逮捕，借此来控制其他豪杰，掌控了豪杰之后，开始互相杀伐，借此完成自己的野心，而各路豪杰并非如远吕智所想象的软弱。

魏国在远吕智强大的力量下，魏国各将帅节节败退，并且传闻曹操战死，魏王曹丕只得以远吕智属国的身份臣服了，并帮助远吕智为虎作伥，但是曹丕每次帮远吕智打架，都是中饱私……显示全部囊，大损远吕智之兵力，放走俘虏，使得远吕智的第一秘书长妲己疑云重重，妲己派战国以锐利出名的石田三成（战国无双上给的属性是“锐”）和曹丕一同行动，实际上是让三成监视曹丕。而曹丕一直在暗地里积攒力量。长期的接触，两人产生了莫名的“友谊”。陈仓之战，曹丕宣布魏朝复国。之后找到曹操，平了远吕智。

织田信长、武田信玄、上杉谦信三位大名各自领导部队与远吕智军作战。尽管情况严峻但是三家却依旧没有想要协力的趋势，而是各自不断的吸收散落在各地的反远吕智势力，壮大自己的势力。

仙界天帝伏羲和女娲，携手昆仑山仙人太公望捉拿逃出五行山的孙悟空和妲己，面对远吕智控制下的魔界和蠢蠢欲动的叛乱军，玩家应该如何应对。