时间为 3 月 31 日，这一天结束后学生宿舍就要关闭。特别课外活动部（S.E.E.S.）的成员们心中怀着各自的想法，度过最后的一天。
但是，异变突然到来。由于神秘机械少女「梅蒂斯」的袭击，埃癸斯觉醒了能够使用复数人格面具的「不羁」之力，
而关闭的学生宿舍中出现了 3 月 31 日不断重复的「时间空转」现象。
其中潜藏着各种谜团与真相，人格面具操控者们即将面对全新的战斗……

此为《女神异闻录３ Reload》的后日谈。迈向「真相」与「结束」的章节，现在重新复苏。

进入宿舍地下出现的「时间夹缝」，追查 3 月 31 日时间空转的原因。
角色「梅蒂斯」也追加了必杀技，而埃癸斯的……显示全部必杀技也出现了变化。
Episode Aegis 拥有与本篇一样美丽细致的画面表现以及易于游玩的特色，同时也以埃癸斯为概念将 UI 重新设计。
此外，也新增了迷宫专用的改编 BGM 共 4 首乐曲。
「那个真相」将以更加鲜明的呈现方式再次呈献给各位玩家。