“诸岛巡礼”是为了让孩子们成长为出色的宝可梦训练家，而在阿罗拉地区被传承的仪式。为了达成“诸岛巡礼”，主角将会挑战在 4 个岛屿各自所设的“考验”。

主角们在进行诸岛巡礼的过程中，会遇上围绕着传说的宝可梦“奈克洛兹玛”的种种事件。事件中会描写与充满谜团的人物和宝可梦的相遇，以及迫近阿罗拉地区的新危机。

排除万难抵达究极之洞的另一边，主角便会到达被奈克洛兹玛夺去了光的世界“究极大都会”。

被黑暗包围的世界中，有一座释放着强光，像塔一样的神秘建筑物。这座建筑物的上方，到底有什么正等待着你呢？

在《精灵宝可梦 究极之日／究极之月》中，传说的宝可梦“奈克洛兹玛”吸收了同为传说的……显示全部宝可梦的“索尔迦雷欧”及“露奈雅拉”后，将各自变为别名“日食奈克洛兹玛”及“月食奈克洛兹玛”的样子，并拥有压倒性的力量。
其实，奈克洛兹玛还有另一个不为人知的秘密。

笼罩在光辉中的奈克洛兹玛，它的身上究竟还隐藏着什么秘密呢？