主角前往橘子学院的姐妹校“蓝莓学园”交换留学。与拥有悠长历史的橘子学院不同，蓝莓学园是近年新设的学校，特别着力于宝可梦对战的教育。让人惊讶的是，这所学校大部份的设施都在海中。参加课程、与当地学生们交流等，主角可以体验到稍有不同的学校生活。

※若要游玩“后篇：蓝之圆盘”的主线故事到最后，必须已播放过《宝可梦 紫》的制作人员名单，且完成“前篇：碧之假面”的主线故事。