《上帝也疯狂 2：诸神的审判》使用了和前作一样的游戏架构，保持了双人对战和一鼠走天下的优点，同时在游戏的图形和色彩运用上作了诸多修改。

游戏中，玩家可以选择不同类型的英雄进行游戏，在每次征战前，游戏会告诉玩家在此处可用的神力有哪些，因此并不是在每一场战斗中玩家都能够自由使用任何一项神力，这点和前代有极大的差异。由于游戏成长系统的加入，因此每一关任务结束后，游戏都会根据玩家的表现给予评分和数点经验值。