二十世纪初的日本“太正时代”，自明治维新以来的文明开化已持续了五十余年。随着西洋文化和日本传统文化的交汇融合，帝都·东京逐渐成为现代化建筑鳞次栉比，铁道、公路纵横交错，马车、人力车、蒸汽车川流不息的繁华都市。

然而，这也是一座有着怪物和咒术等非现实存在的魔幻都市。为了对抗从地底出现的强大魔物，同时守护帝都和民众，由帝国陆军主导的政府直属对降魔组织“帝国华击团·花组”（简称“帝击”）成立了。花组集结了6名具备极高“灵力”的少女：真宫寺一族的女儿、灵剑·荒鹰的继承者真宫寺樱；神崎财阀总帅的孙女、精通神崎风尘流长刀术的神崎堇；俄国革命的勇士、曾有“食火鸟”之称的玛丽亚·橘；自幼就因超常的灵力被……显示全部与世隔绝、年仅10岁的法国贵族千金爱丽丝；在辛亥革命的战乱中失去亲人、精通机械的中国少女李红兰；以及桐岛流空手的正统传人、身高近2米的桐岛神奈。同时，由神崎财阀辖下的神崎重工完成了可使用灵力驱动的“对降魔用灵子甲胄·光武”。以位于银座的“大帝国剧场”为基地、平日以歌舞剧团名义掩人耳目的花组，在魔物出现时就会变为守护帝都的战士，驾驶灵子甲胄与敌人作战。

太正十一年，以妖僧天海为首的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为复辟德川幕府的统治，率领手下的四天王葵叉丹、弥勒、修罗及罗刹，操纵由古代咒法生出的魔物“魔操机兵”在帝都展开了破坏活动。太正十二年春，苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎，一场场帝国华击团与黑之巢会间缠绵不止的战斗自此展开。