《莎木 2》是莎木续作。游戏一开始，主角凉便抵达香港，寻找上集结尾陈大人介绍的“桃李少”老师。这个神秘的桃李少也是凉找到蓝帝的唯一线索。经过一番艰难探索，凉终于找到了了桃李少，原来是一个名为红秀瑛的女性。但出于凉要报复的原因，秀瑛并不愿意帮助凉，但不时也会暗中救助。

为救出朱元达，凉与他的伙伴潜入了黄天组织的据点黄天楼。凉在黄天楼顶与斗牛进行最后战斗，阻止了蓝帝带走朱元达，但蓝帝也乘直升机逃走了。回到居住地，朱元达揭示了凉的父亲被杀的原因，原来蓝帝真名赵龙孙，他深信芭月巌杀害了自己的父亲赵孙明，为了报仇他把芭月巌杀死。赵孙明是朱元达的挚友，也是一位出色的武术家。朱元达不相信芭月巌会杀人，……显示全部但朱元达也不知道当时的实情，只知道赵孙明死了，然后芭月巌把属赵孙明所有的两面镜带回了日本。龙镜与凤凰镜由桂林白鹿村的洮河绿石制成，是一对能开启清朝宝藏的钥匙。只当两面镜都具备的时候，才能找到宝藏的位置。朱元达并提供了凤凰镜关键的信息，建议凉去凤凰镜制造地——桂林的白鹿村作进一步搜寻。凉于与刃、Joy、Wong、秀瑛道别后往桂林出发。

抵达桂林后不久，凉就遇到了在一章多次出现在凉梦中的女子玲莎花。交谈中得知莎花一家与凤凰镜的身世有密切的联系。莎花带凉到白鹿村近郊的一个采石场去见她的父亲，但是里面只剩下父亲留下的一封信。凉在里面找到一把剑，在两人合力下触发了机关，照亮了整个采石场，显现在墙上的正是凤凰镜与龙镜的巨大模型。剑浮在了空中，两人望着剑，游戏便到此结束，为玩家留下了悬念。