剧情讲述主人公等人从崩溃的数码世界跌落到现实世界，却发现现实世界的太阳变成了黑色，暴露于阳光下的人类都成为了化石。只有在カルマ协会治理下的巨大人工城市内人类和植物能够得以生存。カルマ协会拥有全部由恶魔化士兵组成的正规军，以武力推行全人类恶魔化的计划。与之敌对的是反对将人类恶魔化的地下组织ローカパーラ，除领导人外成员全部没有恶魔化能力。

在前作经历 Junk Yard 战役之后，留下许多未知谜题，原来这只是为了即将展开的另一场死斗而拉开的序幕，为何而战？为何而生？抱持着这些疑问的主角，不断地找寻自己的生存目的，在前方到底有什么在等待着他？包覆在“Avatar Tuner”世界里的所有谜题，……显示全部也即将于本作中真相大白。

在《数码恶魔传说：天魔变 2》中，只要玩家有前作的过关资料，就可以选择“困难模式 (Hard Mode)”来进行更加有战略深度的游戏，其中也准备了“最强的头目”供玩家挑战。此外，若玩家在前作中将高位曼斗罗完全精通的话，在游戏一开始时角色的“能力数值”就会提升。另外若在前作中，玩家曾经打倒特定的头目，就可以取得“稀有道具”，来让游戏攻略更加地有利。

本作并追加了防具类的新装备系统“Karma Ring”，在游戏里有着各式各样内含特殊效果，或者可让能力提升的 Ring 存在，若配合从曼斗罗里习得的技巧，就可以衍生出更加丰富且多变的战略方式。而各式 Karma Ring 还可以再自由地搭配，并使用“宝石”来强化 Ring，看玩家是要取长或补短，都可以随心所欲地调整其特殊效果。

在本作之中，恶魔化的能力并不一定能随时都正常地发动。当 Solar Noise 的影响至最大值时，主角们将会无法抑止体内恶魔之力的狂暴化，进而化身成为半人半魔的“罗刹”。在此模式之中，玩家的物理攻击力将会大幅地提升，但物理防御力则会大幅地减少。