《星际迷航：航海家号 - 精英力量》是一款第一人称射击游戏，使用了 Quake III 引擎。在前往阿尔法宇宙象限的途中，美国太空舰队航海家号遭到一艘未知飞船的袭击，并被传送到一个巨大太空站的船坟场中。玩家扮演安杰克斯·蒙罗（性别根据玩家选择而定），他是新成立的危险小组的副指挥官，该小组是由航海家号安保人员组成的精英部队。玩家和团队需要找出为什么航海家号会被带到这里，并找到逃脱的方法。为此，他们将在不同的飞船和太空站上完成多个任务。

这些任务的类型各不相同，包括纯粹的战斗任务和隐秘任务。敌人包括许多著名的《星际迷航》种族，如博格人或克林贡人，还有其他为本游戏专门创造的外星种族和生物。所有……显示全部武器都具有未来主义设计，从伤害较低的手持激光枪到稳态武器和榴弹发射器。武器要么自动逐渐充能，要么需要从其他武器或终端收集弹药。

虽然玩家只直接控制蒙罗，但在任务期间通常会有最多三名队友陪同他（或她）并与敌人战斗，由人工智能控制。剧本事件和过场动画经常涉及这些队友的行动。当不处于任务中时，蒙罗可以探索航天飞机，直接与角色交谈或偷听他们之间的对话。在游戏过程中，玩家可以做出一些决策，可能会影响随后的事件。

游戏还提供了一个名为“全息比赛”的多人模式。