《时间洞穴》讲述了伊森·凯洛斯和他整个家庭神秘失踪的故事。在伊森寻找家人的过程中，他遇到了一支空心笔，这是一种具有独特力量的物体，可以打开通往过去的门户。这使伊森能够改变过去，以解决现在的问题。通过使用这支神秘的笔，他必须跟踪现在和过去的事件，找到他失踪的家人。