《细胞分裂：双重间谍》不同于以往只隐身于暗处行动的游戏机制。这次，美国遭遇来自恐怖组织－－约翰·布朗军团（John Brown"s Army，JBA）的威胁，以往深入敌阵获取机密的做法已经不够了，山姆得加入 JBA，成为恐怖组织的一份子，不仅要设法获得敌方信任，也要兼顾原本 NSA 交付的任务。

我们的精英的间谍 Sam Fisher 又回来了，但他面对的敌人不再象以前，他必须阻止他们的恐怖袭击，他必须渗透如恐怖分子集团从内部摧毁它。体验无情和进退两难的双重间谍的生活。你必须潜入美国恐怖分子的总部，你必须权衡你每个行动所带来的后果。作为一个双重间谍，玩家不仅仅要完成国家安全局的任务，也必……显示全部须配合隐藏在美国恐怖分子的要求，Sam Fisher 必须要权衡。如果他杀了很多恐怖组织的成员，他将被暴露。如果迟疑拖的时间太长，就会造成上百万居民的死亡。