游戏故事背景为前作数百年前，主角是战女神三姐妹中排行最小的希尔梅莉亚。游戏中希尔梅莉亚将转生为都市国家迪潘的公主爱莉夏，与爱莉夏的灵魂共存于同一躯体之中。在前作中迪潘已遭灭亡而成为废墟，希尔梅莉亚也被不死者之王布拉姆斯所封印俘虏，相关的伏笔将于本作中加以解明。

故事叙述因故与大神 奥丁 对立的希尔梅莉亚，被奥丁强行贬入人间，转世为迪潘的公主爱莉夏，但原本应该沉眠于人类肉体中的希尔梅莉亚，却意外的苏醒，与身为人类的爱莉夏意识共存。体内存有战女神的意识使得爱莉夏做出许多常人所无法理解的行为，因而被父王所软禁。大神奥丁也察觉到希尔梅莉亚于人类肉体中苏醒的异常现象，便派出了战女神的长女亚莉下凡来……显示全部收拾这意外的局面。

不同于前作以 2D 绘图方式构成，《女神战记 2》采用全 3D 方式将游戏场景与角色细致的刻画出来，并承袭前作为玩家所称道的动作要素，采用全新的“光子”系统，比前作的“晶石”系统有着更多的变化。战斗也同样采用富含动作游戏成分的实时指令输入系统，提供紧凑而刺激的战斗乐趣。