相隔 2 年，续作《零～红蝶》在 2003 年底登场，基本的游戏架构都跟初代相去不远，除了一些新增的系统之外，最大特色就是采取了双主角的设计，由双胞胎美少女姊妹天仓茧、天仓澪担纲演出。在许多玩家的心目中，这代的故事、结局最令人感动，破关时流泪者比比皆是。

皆神村的历史很悠久了，村庄有由四大家族掌控，四大家族也是分别有相应的纹章。这四大家族分别是黑泽家，逢坂家，立花家和桐生家。其中势力最大，也是四大家族之首是黑泽家，世世代代的村长，也是由黑泽家的当主担任的。为了维护村子的稳定每到一段时间就必须奉献出双胞胎，也就是双子，由年幼的杀死年长的，从而释放出巨大的能量，藉以镇守住虚。这种仪式不知道进……显示全部行了多少次。可以说是生活在皆神村的村民的宿命吧。

19 世纪末，日本经历了明治维新之后，经济高速发展，工业，农业生产水平也得到了相应的提高。但由于皆神村与外界隔绝，除了一般的日用品交易之外，很少和外界交往。在游戏中会发现，黑泽家一楼，还有立花家的钟表就是西洋钟。可以看出，皆神村也并不完全是一个绝对封闭的村子。但是皆神村的生活水平和当时日本居民的生活水平还是相差很多的。1915 年，黑泽沙重和黑泽八重在皆神村出生，他们的出生可以说彻底改变了皆神村的命运，也改变了天苍姐妹的命运。

1988 年，居住于东京都的天苍姐妹，趁着暑假放假的时机。回到了之前小时候经常玩耍的地方“水神大坝”。因为听说这里要建成一座“水神大坝”，姐妹俩想回来怀个旧，可是没想到，竟然误入了“皆神村”，展开了惊恐而又神奇的“恐怖之旅"。